Sau khi chiếm lại bộ Giao Chỉ, tiêu diệt sự chống đối của Hai Bà Trưng, nhà Đông Hán tăng cường bộ máy cai trị hơn trước. Các cấp hành chính có chế độ quan lại như tại Trung Quốc mặc dù hiệu lực hoạt động của bộ máy không thực sự chặt chẽ[21].

Người đứng đầu Giao Châu là Thứ sử, phụ trách chung toàn bộ công việc của các quận trực thuộc. Tại từng quận, nhà Đông Hán vẫn đặt một viên Thái thú coi việc dân sự và một viên Đô úy coi việc quân sự như trước. Nhưng tại các huyện, chế độ Lạc tướng cha truyền con nối của người Việt bị bãi bỏ, không còn được duy trì như trước. Thay vào đó, nhà Đông Hán đặt các Huyện lệnh để tăng cường cai trị các huyện[21].

Sang các thời thuộc Ngô, Tấn, Lưu Tống, Nam Tề và Lương, bộ máy quan liêu cai trị Giao Châu cơ bản vẫn như thời thuộc Hán. Tuy nhiên, việc cai quản vẫn còn ít nhiều hạn chế. Các quan lại Trung Quốc thừa nhận nhiều nơi "trưởng lại tuy đặt, có cũng như không", "huyện quan ràng buộc vì để cho sợ uy mà không phục", "dân cậy hiểm ở xa, thường hay phản loạn"[21].